[spruced]

или хотя бы чтоб я мог его поставить на паузу

[Iska]

Что можно сделать чтоб он мне не мешал. »

Ничего нельзя сделать.

или хотя бы чтоб я мог его поставить на паузу »

Загружаете Process Explorer, запускаете, ищете wscript.exe с командной строкой, состоящей из пути к Вашему скрипту, щёлкаете по нему правой кнопкой мышки, из контекстного меню выбираете Suspend. Возобновить работу процесса — там же, Resume.