[NickM]

почему через прокси сделать невозможно? в противном случае можете настроить файрволл

[James Marsh]

Попробуйте в настройках Internet Explorer'a настроить прокси.

[El Scorpio]

на нескольких рабочих станциях стоит ПО, которое постоянно обновляется »

1. Программа использует HTTP от имени пользователя. Исправляется добавлением параметров прокси в настройки Internet explorer
2. Программа использует HTTP и работает в режиме службы от имени системы. Нужно прописать параметры прокси в параметры системы (команда proxycfg или аналогичная)
3. Программа использует нестандартный протокол. Через прокси не заработает.

конфиг Squid совершенно дефолтный »

необходимо направить эти рабочие станции через шлюз в обход Сквида »

Вообще-то дефолтный конфиг сквида никоим образом не мешает прохождению трафика.
Если в параметрах клиентской программы указано использовать прокси, программа будет отправлять пакеты на вход службы прокси-сервера. Если же в параметрах программы прокси не указан, программа будет отправлять пакеты непосредственно на сервер, и эти пакеты будут подчиняться общим правилам маршрутизации TCP/IP.
Возможно, у вас на данных рабочих станциях просто не прописан адрес шлюза (default gate)?