[UncleTom]

Я проверил эти ссылки на VirusTotal и только DrWeb сказал что это Malicious Site.

[softter]

Никто вам точно не скажет в чем проблема.
Либо угнали пароль от фтп и робот вносит этот код в страницы сайта, либо все это делают через дыру у хостера (все сайты на этом сервере будут с этим кодом), либо залили через дыру в вашем сайте (дырявые скрипты, направильно настроенные права и т.д.), возможно была угнана ваша сессия или пароль.