[Delirium]

Так в чем задача то? Написать за вас программу, что ли? В чем суть задачи?

[interminable]

Суть в том как реализовать?
А именно как выбрать ПАПКУ из множества папок, в которой самые свежие файлы.
Т.е. скачались архивы, разархивировались, каждый в свою папку(ЭТО РЕШЕНО УЖЕ) и нужно выбрать ту папку в которой файлы самые свежие ну а дальше уже втянуть эти файлы в базу.

[lxa85]

interminable, системы контроля учета версий в помощь. SVN, Bazar, Mercury, Git...
Кроме того есть много утилит синхронизации fmirror, rsync ...
Выбор "самого последнего" строго по дате или по названию. Это должно быть регламентировано в документации -- правила именования архивных документов.
Я бы кстати рекомендовал обратить внимание именно на системы контроля и учета версий. Там это уже решено, или требует незначительного изменения.