[CyraxZ]

В настройках xdebug вместо

PHP код:

xdebug.remote_connect_back = 1 

попробовал явно указать IP-адрес хост-машины в NAT-сети (на которой работает PHPStorm и слушает порт 9999):

PHP код:

xdebug.remote_connect_back = 0
xdebug.remote_host = 10.0.2.2 

В итоге - всё то же самое (php-fpm перезагружаю). Логи xdebug при инициализации сессии:

Log opened at 2017-07-07 21:02:22 I: Connecting to configured address/port: 10.0.2.2:9999. I: Connected to client. :-) -> <init xmlns="urn:debugger_protocol_v1" xmlns:xdebug="http://xdebug.org/dbgp/xdebug" fileuri="file:///home/user/www/site/index.php" language="PHP" protocol_version="1.0" appid="1148" idekey="netbeans-xdebug"><engine version="2.2.5"><![CDATA[Xdebug]]></engine><author><![CDATA[Derick Rethans]]></author><url><![CDATA[http://xdebug.org]]></url><copyright><![CDATA[Copyright (c) 2002-2014 by Derick Rethans]]></copyright></init>

Всё, что я описал в теме - так же советуют здесь, здесь и здесь (используется такая же конфигурация, когда IDE работает на хост-машине, а веб-сервер и xdebug - на гостевой машине).

[CyraxZ]

Проблема решена. В сабжевой ситуации имело место следующее:
1. PHPStorm нормально получал от xdebug отладочную информацию на порт 9999 (по протоколу dbgp)

2. Выполнение скрипта реально останавливалось (не зависимо от наличия и расположения breakpoint'ов), но останавливалось на 1-й строке главного файла скрипта index.php - по той причине, что в настройках PHPStorm стояла галка "Settings - Languages & Framework - PHP - Debug - Break at first line in PHP scripts". Судя по всему, когда настраивал отладчик, нажал "Break at first line in PHP scripts" в Event log.

3. После остановки выполнения скрипта на 1-й строке index.php PHPStorm не открывал этот файл и не показывал текущую строку выполнения (при этом окно "Debug" и кнопки "Stop", "Resume", "Step Over" и прочие активизировались) - по той причине, что у меня не были установлены правила мэппинга для локального веб-сервера (сервера разработки), работающего в гостевой машине (ранее у меня веб-сервер и xdebug тоже работали на хост-машине и правила мэппинга для сервера разработки были не нужны - соответствие между путями веб-сервера в составе xdebug-запроса и путями к отлаживаемым файлам со стороны PHPStorm было 1:1)

PHPStorm искал файл, указываемый в xdebug-запросе, поступающем на порт 9999 (в данном случае - index.php) по тому же пути /home/user/www/site/index.php, который был указан в этом xdebug-запросе. Но поскольку у меня на хост-машине (где работает PHPStorm) файлы сайта расположены в другой директории, нужно было:

- включить галку "Settings - Languages & Framework - PHP - Servers - <имя сервера> - Use path mappings"
- указать директорию на хост-машине (где работает PHPStorm), соответствующую директории /home/user/www/site/index.php на гостевой машине (на которой работает веб-сервер и xdebug)