[mikezhirnyi]

Работу Active Directory восстановил путем понижения роли контроллера домена и заново повысил, при установке там спрашивается путь к папкам SYSVOL, Netlogon и NTDS - указал не С диск на SSD, а другой раздел на HDD. Репликация отлично работает.
Все равно считаю, что проблема не решена, так как все эти системные папки лучше держать на быстром носителе, особенно папку где я храню профиля пользователей.
К слову, на HDD остался раздел с системой которую я перенес бекапом на SSD. Пробовал репликацию на этот раздел - также не работает. Так как репликация не работает не полностью, а только на С диске текущем и прошлом, то это явно проблема где-то на этих томах. Пробовал удалять папку System Volume Information целиком на старом системном диске - после перезагрузки сервера папка создалась снова, но папка DFSR в ней так и не появляется. Делал проверку файловой системы на этом диске штатными средствами - проблем не обнаружено. Думаю что если я отформатирую этот раздел и настрою репликацию на него еще раз то она скорее всего пойдет, буду это проверять, все равно этот раздел уже не нужен на HDD. Если поможет (что скорее всего), то как решить проблему с текущим системным С диском на SSD без переустановки системы? Что очень бы не хотелось делать, сами понимаете много гемора.
Все еще жду Ваших советов на эту тему

Да. После форматирования тома на HDD на котором раньше не работала репликация и пересоздания группы репликации, репликация пошла успешно. Ну вот где блин проблема то кроется елки палки)

[mikezhirnyi]

В общем хочу сообщить, что проблема решилась почти что сама по себе. Осталась у меня последняя идея - выполнить обновление Windows, в надежде что при обновлении ресетнутся определения у DFSR для дисков. Как раз с момента последнего обновления серверов скопилось 4 обновления (никак не были связаны с DFSR), решил установить и еще думаю нужно будет проверить работоспособность после работы, но как то забил, потому что надежды особо не было после многочисленных проб. В общем в итоге вспомнил и решил проверить и чудо! Оно заработало! Репликация на системном диске С снова работает!

В общем вот инструкция для решения такой проблемы, как была у меня, когда репликация не работает только на системном томе:
1. Временно понижаем роль контроллера домена без удаления DNS делегирования.
2. Открываем права доступа к папке System Volume Information на том томе, на котором не работает репликация (в моем случаи это системный том) и чистим папку DFSR:

Скрытый текст

Открываем CMD от имени администратора, переходим в "C:\System Volume Information" (команда CD) и выполняем команду "rmdir DFSR /s", после чего папка с базой репликации DFSR для данного тома очистится (но не полностью, это нормально!)

3. Открываем Центр обновления и делаем поиск обновлений, после чего устанавливаем их и перезагружаем сервер (а лучше все сервера которые участвуют в репликации с проблемным томом на этом сервере).
4. Проверяем работоспособность репликации (можно создать тестовую репликацию и папку с каким-нибудь текстовым документом).
5. Если репликация сработала, то смело повышаем роль проблемного сервера снова до контроллера домена и проверяем папки SYSVOL, NETLOGON в общем доступе на этом сервере а также работоспособность репликации данных папок.

Всем удачи!