[DJ Mogarych]

Mpeg4 - это стандарт сжатия аудио и видео (кодеков там великое множество), а MKV - это контейнер, где кодеки могут быть в самых разных сочетаниях.

Кодек выбирать можно любой, потому что при соединении разных форматов всё равно будет перекодировка. Зависит от дальнейшего использования видео, где оно будет воспроизводиться и т. п.

Самые популярные варианты сжатия видео сегодня - это x264 (AVC) и x265 (HEVC).
Для аудиодорожки - AAC.

[bredych]

если соединяешь видео разным разрешением и кодеком »

в большинстве случаев вам сначала потребуется перекодить всё к одному разрешению. Возможно, некие комбайны позволяют виртуально "одновременно" проводить перекодировку на другое разрешение и склейку, но "внутри" всё равно это будет 2 разных шага.
Выбор кодека действительно неважен для склейки.

И чтоб видео при соединении не занимало вдвойне больше места чем исходники что в этом случаи выбирать какие то параметры? »

а вот этот вопрос - чтоб и качество было получше и размер поменьше - это доолгий и сложный процесс, требующий и немало теории и отчасти кучу шаманства.
Кнопки "шЫдевр" нету.