[SendMessage]

А не могли бы рассказать принцип действия? »

Принцип действия простой - создается массив команд REN. Ну а они переименовывают.
Теперь то, что у Вас выделено красным:
^ren - символ ^ ставится, чтобы cmd не принял это за команду, а просто как текст.
"%%a" "^>!n!"/" - ну первая часть - просто путь файла с расширением ac3, вторая - идентификатор для будущих действий. Примерно так это выглядит в виде текста:
ren "a.ac3" ">1"/. После второго прохода цикла - ren "a.ac3" ">1"/ren "b.ac3" ">2"/ ну и т.д.
%%arr:^>!n2!=%%~ni.ac3%% - замена счетчика на имя файла с расширением mkv. Где-то так: %%arr:>1=имяMKVфайла.ac3%%
:/=^& - замена символа / на &.
2>nul (%arr:~,-1%) - ну а это, собственно само переименование. 2>nul - не выводить сообщения об ошибках. %arr:~,-1% - массив получившихся команд REN. Без последнего символа. Выглядит примерно так:
ren "a.ac3" "имя1.ac3"&ren "b.ac3" "имя2.ac3"&ren "c.ac3" "имя3.ac3"

[El Sanchez]

19w85, ересь №2 , только покороче:

Код:

@Echo Off
Set Source=C:\Source

SetLocal
For /F "Tokens=1* Delims=:" %%A In ('Dir /B /A-D "%Source%\*.ac3"^|FindStr /N .') Do Set FN%%A=%%B
For /F "Tokens=1* Delims=:" %%A In ('Dir /B /A-D "%Source%\*.mkv"^|FindStr /N .') Do If Defined FN%%A Call Ren "%Source%\%%FN%%A%%" "%%~nB.ac3"
EndLocal

[19w85]

El Sanchez,
Покороче - это отлично, спасибо! По этому коду даже вопросов нет, всё проще и понятнее. (я как раз в своих попытках и пытался реализовать именно такой способ через 'Set FN%%A=%%B' только ошибок много наделал, теперь смог увидеть, где именно, ещё раз спасибо)

[dionus]

Имеется произвольный список файлов

Специально для подобных целей написал батник для пакетного переименования файлов по списку:
http://it.dnepro.org/2013/120.html