[Andre123123]

Только в этих двух настройках

[HKEY_CURRENT_USER\Software\SafelyRemove\Main]
"Version"="4,0"
"FirstRunDT"="140820081942"
"RunCount"="39"
"AC"="0"
"Toolbar"="1"
"StatusBar"="1"
"WindowTop"="329"
"WindowLeft"="601"
"WindowWidth"="479"
"WindowHeight"="392"
"WindowStatus"="2"
"SettingsNotFirstTime"="1"
"UseAutoUpdatesQuestion"="1"

[HKEY_CURRENT_USER\Software\SafelyRemove\Options]
"LangFileName"="Russian"
"UpDownBalloonShowTime"="5"
"ShowBalloon"="1"
"DisableHotPlug"="1"
"UseStoppingMenuHK"="0"
"LoadCount"="259"
"StopMenuCount"="18"
"ShowVolumeNames"="0"
"RunWithWindows"="1"
"MinimizeToTray"="1"
"DisplayAllStorageDevices"="0"
"AutoHideIcon"="1"
"SMHKMod"="2"
"SMHKKey"="18"
"StopImmediately"="0"
"BalloonTooltipBehaviour"="-1"
"BalloonShowTime"="5"
"CheckforUpdates"="0"
"RunFileOnLoad"="0"
"RunFileOnLoadName"=""
"RunProcessModeAfterLoad"="-1"
"RunFileBeforeStop"="0"
"RunFileBeforeStopName"=""
"RunProcessModeBeforeStop"="-1"
"AdminFullName"=""
"ProtectMainWindow"="0"
"ProtectPropertiesWindow"="0"
"ProtectApplicationExit"="0"
"ProtectUSBDeviceStopping"="0"
"SettingsNotFirstTime"="1"
"AdminPassword"=""
"LargeStoppingMenuIcons"="1"
"DisplaySurpriseRemovalDevices"="0"
"SmallStoppingMenuIcons"="0"
"SimpleQuickMenu"="0"
"AlwaysDisconnectCardReader"="0"
"AskAQuestionBeforeStopCardReader"="1"
"NeverDisconnectCardReader"="0"
"BrowseDeviceViaExplorer"="1"
"BrowseDeviceViaAlternativeFileManager"="0"
"AlternativeFileManagerCommandLine"=""
"DeviceStopMenuPopupOnMouseHover"="1"
"UseProxy"="0"
"ProxyServer"=""
"ProxyPort"=""
"ProxyUsername"=""
"ProxyPassword"=""
"HideDriveLetters"="0"
"MountPointsUserExcludeString"=""
"DisallowToUseDriveLetters"="0"
"EnableExtendedLogging"="0"
"Predefinedpathtemplates1"="0"
"N1"="0"
"BrowseadeviceinTotalCommander1"="0"
"BrowseadeviceontheleftpaneofexistingTotalCommander1"="0"
"BrowseadeviceontherightpaneofexistingTotalCommander1"="0"

[gora]

Но при первом запуске она сразу предлагает проверить обновления. И при запуске самой программы в её окне настроек "галочки" данных настроек не стоят на своих местах. »

1 Перед первым запуском проверьте на месте ли внесенные вами настройки в реестре. Если их нет, то они не добавились, а если есть то п.2
2 После первого запуска повторите проверку. По результатам сделайте вывод.

[Andre123123]

Усли вы не внесете в реестр пункт "MAIN", то и будет то, что вы написали. Попробуйте на живой системе удалить из реестра этот пункт, и программа снoва будет ломиться за обновлениями, хотя в "Options" осталось все без изменений. Потом восстановите реестр и увидете разницу.

[МИШАНЧИК]

Andre123123, gora,
Большое вам спасибо! Действительно всё зависит от пункта "MAIN".