[BuGfiX]

А что в итоге хочется получить ? Одно рабочее пространство, растянутое на 2 монитора, или 2 разных X-сессии ?
Точно утверждать не буду, потому как не пробовал, но думаю что и то и другое осуществимо.

В первом случае делать примерно так:

Section "ServerLayout"
Identifier "Default Layout"
Screen 0 "Screen0" 0 0
Screen 1 "Screen1" RightOf "Screen0"
...
EndSection

# перечисляем скрины
# первый скрин работает с первой видеокартой и первым монитором
Section "Screen"
Identifier "Screen0"
Device "Video0"
Monitor "Monitor0"
...
EndSection "Screen"

# второй скрин работает со второй видеокартой и вторым монитором
Section "Screen"
Identifier "Screen1"
Device "Video1"
Monitor "Monitor1"
...
EndSection "Screen"

# перечисляем мониторы
Section "Monitor"
Identifier "Monitor0"
...
EndSection "Monitor"

Section "Monitor"
Identifier "Monitor1"
...
EndSection "Monitor"

# перечисляем видеокарты
Section "Device"
Identifier "Video0"
# BusID беертся из lcpci
BusID "PCI:0:1:0"
...
EndSection "Device"

Section "Device"
Identifier "Video1"
# BusID беертся из lcpci
BusID "PCI:0:2:0"
...
EndSection "Device"

Во втором случае определяете 2 секции ServerLayout с разными Identifier и запускаете 2 копии иксов с параметром -layout, в котором указываете нужный Layout.

Удачи.