[Georgio]

При использовании ключа "skip" не обрабатываются начальные строки в выводе команды "reg query". Как Вам уже понятно, сам вывод в разных версиях "reg.exe" может быть разным. Поэтому после пропуска определённого количества строк не всегда в разбор циклом попадает то, что нужно. Если в начале вывода присутствуют только пустые строки, то можно не использовать ключ "skip", т. к. они автоматически пропускаются в разборе, что у Вас, возможно, и произошло, когда Вы убрали ключ "skip".

А команда "findstr /i \.exe" ищет в выводе конкретную строку, в которой упоминается ".exe", и именно эта строка обрабатывается циклом.