[megaloman]

Код:

@Echo Off
FOR %%f IN (in\*.*) DO ARJ32.exe a -V5000K -Y -E "out\%%~nf.arj" "%%f"

Нет ARJ, не тестировал. Похоже, у Вас, кроме прочего, перепутан порядок следования Out и In
Предложенный батник заархивирует все файлы в папке поочереди.
Вот так можно избежать повторного архивирования

Код:

@Echo Off
FOR %%f IN (in\*.*) DO If Not Exist "out\%%~nf.arj" (
	ARJ32.exe a -V5000K -Y -E "out\%%~nf.arj" "%%f"
)