[Blast]

перед комментарием ставьте точку с запятой, то есть получится так:

Код:

;текст комментария

в принципе не имеет значения где вы закомментированную строку разместить, хоть до параметра хоть после, хоть в той же строке, в любом случае такие строки не будут обрабатываться.

[raueber]

А есть ли возможность размещения комментариев в реестре?

[Blast]

Отдельным строковым параметром почему бы и нет, добавляйте параметр с именем Комментарий и с параметром равным тексту комментария, по идее мешать они не будут.