[Blast]

Если это относится только к опр. разделу реестра, то Сама ОС такого делать не умеет. Вероятно работает какое-то стороннее ПО, восстанавливающее состояние данного раздела на эталонное (свое).
В качестве костыля можете запретить изменения в нужном вам подразделе банально отняв права и выставив режим Только чтение: Правой кнопкой мыши на нужно подразделе - Разрешения.
Но лучше разобраться кто хозяйничает у вас т.к. запрет записи в реестр может привести к невозможности сохранения настроек программы например, если она хранит там свои данные.

[novikov2v]

Вот сейчас выяснил, что изменения касаются только ветки реестра конкретного приложения. А еще, я заблуждался по поводу удаления веток, внесенных в ручную. Они остаются. Таким образом, удаляется ветка, возникающая в реестре вследствие первого (при выходе\входе в систему) запуска приложения. Каждый раз при входе в систему при запуске программы требуется делать одни и те же настройки. Само приложение третьего производителя.

[Blast]

novikov2v, проверьте в первую очередь вносятся ли изменения в реестр после настройки программы, возможно ей банально не хватает прав и она хочет сохранять не в HKCU, а в HKLM. Попробуйте запустить программу от имени администратора (ПКМ на ярлыке - Запуск от имени администратора) и произвести нужные вам настройки. После этого проверьте будут ли они сохраняться.