[megaloman]

кладем BAT в папку с файлами »

Скрипт может быть где угодно. Этого делать не надо. Пропишите расширение для Ваших обрабатываемых файлов вместо txt. Set "Ext=txt"
Я не мог полноценно отладить скрипт с Вашими программами, поэтому в выделенных строках надо убрать Echo для боевой работы - я их тупо переписал у Вас.
На скрипт можете перетаскивать файлы, папки, их смесь. Папки обрабатываются с подпапками.

Код:

@Echo Off
cls
	Set "ffmpeg=C:\Program Files (x86)\H.264 Encoder\ffmpeg.exe"
	Set "Ext=txt"

	If "%~1"=="" (Echo No Arguments &Pause &Exit /B 2)
	FOR %%f In (%*) DO (
		If Exist "%%~f\" (
			Echo Папка "%%~f"
			For /F "usebackq delims=" %%i In (`2^>nul Dir /B /S /A:-D "%%~f"`) Do Call :DoFile "%%i"
		) Else (
			If Exist "%%~f" (
				Call :DoFile "%%~f"
			) Else (
				Echo Файл или папка не найдены "%%~f"
			)
		)
	)
pause
Exit /B 0

:DoFile
	If /I Not ".%Ext%"=="%~x1" Exit /B 1
	Echo Обрабатываем файл "%~1"

	Echo "%ffmpeg%" -i "%~1" -c:a copy -vn "%~1.m4a"
	Echo del "%~1"
	Echo ren "%~1.m4a" "*."
Exit /B 0