[Animal]

Где Вы прочли эту рекомендацию? Если можно ссылку.
По поводу "проще работать" - возможно. Но идея в том, чтобы максимально снизить вероятность того, что "слетит", это же сервер! А вот здесь как раз предпочтительно использовать именно NTFS. Плюс настройка безопасности. А лучше всего читайте здесь http://www.ixbt.com/storage/ntfs.html.

[Drags]

Без ntfs сервак работать не будет, ad даже ставиться не хочет.
Ntfs to fat конвертит partion magic, но с русскими именами можешь попрошаться.
fat to ntfs конвертит тот же pqmagic, а также встроенная утила
convert /?

Резервную копию сделай обязателлно

[vasketsov]

То, что восстанавливать данные на NTFS сложнее чем на FAT (а тем более 32) - это миф. На самом деле все проще, ссылку дали на ixbt - читайте.