Здравствуйте!
Тоже возникла такая же проблема...
мат. плата - p8z68-v pro/gen3
проц - i5 - 2500k
Если включать компьютер в такой последовательности - Включить монитор, включить системник, загрузка винды - все значки на месте, а если вот так - Включить системник, дождаться загрузки винды, включить монитор - все значки в кучу.
Пока стояла внешняя видеокарта - было все нормально.
Если в винде выключить и включить монитор - звук отключения и подключения устройства.
и еще один момент интересный -
значки выстраиваются не в ряд ( как если бы нажать - упорядочить значки автоматически)
а аккуратненько в обведенном квадрате (на скрине видно )
драйвера на видеокарту ставил как с сайта асус так и с сайта intel
винда 7 - не сборка