Выкинуть требование копировать аудио и видеопоток.
Представьте сами: Поток является редкими ключевыми кадрами, после которых есть информация только об изменениях. Предыдущий ключевой вы отрезали, перекодировать запретили. Если даже ффмпег и кидает в файл информацию об изменениях - к чему её применить? Не к чему, кадра нет.
Так что, или трусы или крестик. Или не перекодировать, или не огорчаться обрезке наблюдаемого видео по ключевому кадру.
