[a_axe]

Iska, да, оно самое

Юрий_Нд, у вас на скине под надписью "показывать" есть четыре кнопки, правая стрелка не нажата, поэтому уникальные файлы справа не показаны. Стрелки означают показывать то, что уникально в панели источнике и может быть скопировано в другую панель, равенство - одинаковые, перечеркнутое равенство - файлы с одним названием но разным объемом или датой.

Кроме того, сами результаты можно выбирать мышкой и на перечне действует контекстное меню с опциями выбора.
Вложенность папок значения не имеет, но каждая вложенная папка будет сравниваться отдельно - если такой файл в другой панели в другой папке, то тотал разумеется предложит скопииовать один файл слева на право и второй справа налево, чтобы их стало два.

Если сама иерархия папок не важна, то можно на обоих панелях показать содержимое всех папок (у меня это ctrl+b) и сравнить содержимое (у меня shift+f2), эти комманды доступны через меню (доберусь до тотала - напишу точно, или возможно коллеги подскажут).