yan007,
Я так понимаю, что проблемы у вас с твиками, которые должны вносится в раздел HKEY_CURRENT_USER. И это вполне естественно, так как "SetupComplete.cmd" отрабатывает до того, как создается профиль пользователя и соответственно этим твикам просто некуда прописываться. Для их интеграции нужно использовать куст реестра для пользователя по умолчанию - все доходчиво расписано вот
здесь (предварительно я бы рекомендовал разделить ваш файл с твиками на то что вносится в HKLM и на то, что должно вноситься в HKCU).
