Nun-Nun, Если программа Setup.exe лежит там же где и сам bat'ник то можно попробовать так:
Код:
Start "" "%~dp0\setup.exe"
%~dp0 - возвращает путь где лежит сам bat'ник. т.е. если он лежит в D:\ он будет запускать комынды с него...
Если что вот темка автозапуска:
Автозапуск программ при включении флешки
