В общем проблема решилась.
Оказалось, что ни установщик дебиана, ни вин7 не в состоянии нормально сменить разметку GPT на MBR и там остается какой-то мусор. Из-за этого при установке дебиана в режиме CMS не загружался grub, а после установки win7 установщик дебиана не видел разметку.
Все решилось загрузкой с live-дистрибутива и использованием fixparts из пакета gdisk, он заново прописал MBR разметку и дебиан увидел диски с виндой.
Спасибо
SharkyUA за уделенное время