Создаёте текстовый файл, например, list.txt с примерно таким содержанием:
Код:
file 'D:\Видео\file1.mp4'
file 'D:\Видео\file2.mp4'
file 'D:\Видео\file3.mp4'
file 'D:\Видео\file4.mp4'
file 'D:\Видео\file5.mp4'
Выполняете команду
Код:
ffmpeg -f concat -safe 0 -i list.txt -c copy output.mp4
https://trac.ffmpeg.org/wiki/Concatenate
При желании, процесс можно автоматизировать.