[denskdf]

VideoReDo TVSuite. Он пережимает только участки, которые разрезаны не по ключевому кадру, остальное копирует.

Или делаете вручную так, но это геморно: Вырезаете 3 сек до ключевого кадра и остальное во второй файл. 3-секундный кусочек режете потом еще точно с пережатием. Очень важно, чтобы пережатие было тем же кодеком с максимально близкими параметрами, что и в основном файле. Затем клеите два кусочка в mkvtoolnix. Но в mkv могут появиться gaps (нестандартные таймкоды) в местах резки. При просмотре абсолютно не мешает, но если понадобится потом перекодировать в другой формат, после некоторых конвертеров может появиться рассинхрон.

meZon
XviD4PSP же с пережатием.