копать в настройки Safety net на транспортных серверах. За это время в организации реально проходит 50-2000 сообщений? Это теневые копии, которые должны удаляться после получения соответствующей команды с сервера next hop. Вариантов два: либо это нормально (зависит от настроек safety net), либо сервер, на который были отправлены сообщения (он должен быть указан в названии очереди) не присылает нужный заголовок, который теневая избыточность расценивает, как команду на удаление.
Почитайте на тему:
https://docs.microsoft.com/ru-ru/exc...ange-2013-help (с вложенными секциями)
