Код:
for %%* in (r\*.wav) do sox "%%~*" -t wavpcm "t\%%~n*.wav" pad 0 5
for %%* in (t\*.wav) do sox "%%~*" -t wavpcm "w\%%~n*.wav" trim 0 3
А я уже столкнулся с тем что иногда аж три папки надо. Сначала добавить длину, а потом обрезать.
Дело в том что короткие файлы сами не удлиняются, чтобы их привести к одинаковой длине.
Хотя может в документации это можно совместить, не знаю.