У меня другая проблема, когда сохраняю в папку, то в меню типа файла указан AHK .ahk а сохраняется вообще без расширения. Вот, сохранил с расширением .ahk и скрипт запустился. Странно!
Вот тема с моей проблемой
https://github.com/fincs/SciTE4AutoHotkey/issues/37
Version 3.1.00 SciTE:5.2.2 Scintilla:5.2.2 Lexilla:5.1.6
Built on May 2 2022 14:12:35
Написано: It will be fixed in S4AHK v3.1.1.
Так что имейте в виду.