[Iska]

Примерно так (не проверялось):

Скрытый текст

Код:

Option Explicit

Const ForWriting = 2


Dim strSourceFile
Dim strContent


If WScript.Arguments.Count = 1 Then
	strSourceFile = WScript.Arguments.Item(0)
	
	With WScript.CreateObject("Scripting.FileSystemObject")
		If .FileExists(strSourceFile) Then
			With .OpenTextFile(strSourceFile)
				strContent = .ReadAll()
				.Close
			End With
			
			With .OpenTextFile(strSourceFile, ForWriting)
				.Write Replace(strContent, "@", "#")
				.Close
			End With
		Else
			WScript.Echo "Can't find source file [" & strSourceFile & "]."
			WScript.Quit 2
		End If
	End With
Else
	WScript.Echo "Usage: cscript.exe //nologo """ & WScript.ScriptName & """ <Source file>"
	WScript.Quit 1
End If

WScript.Quit 0

Путь к целевому файлу указывается аргументом скрипта (также можно просто перетащить целевой файл на скрипт в Проводнике).