На последние версии Руфуса довольно много нареканий в этом плане (и не только в этом).
Можно было бы попробовать записать флешку с помощью UltraISO, запущенной с правами администратора: Самозагрузка -> Записать образ жёсткого диска -> Метод записи: USB-HDD+