[Admiral]

даже если это возможно, то архивы все равно будут уникальными файлами. »

Не тривиально, но возможно, если сделать мнимую переадресацию с помощью программирования оболочки к архиву.
Рассказывать пользователю об содержания архива (включая про файлы дубликаты), а в это время по запросу дубликата разархивировать с третьего архива, так называемого common archive, который содержит все файлы, которые минимум два раза дублируются.

в один архив записать? »

Небезопасно, с точки зрения защиты от царапин (писать буду на болванку), тем более, я взял за основу 7zip который, как известно плотнее пакует в отличие от rar, но проблемка в том, что у rar можно распаковать один файл не распаковывая весь архив как это происходит у 7zip.

Вот если б сделать дублированный файл много томным в архивах.
Допустим, файл разбит на несколько томов, а в каждом томе находится ещё уникальные файлы, распаковка которых происходит, не зависимо от других томов.
Тогда не каких переадресаций не потребуется, сам архиватор будет вытягивать с томов необходимые данные.