[BadPointer]

valeon,
В settings.cfg сохраняются только определенные параметры. Для остальных случаев следует создавать bat файлы. Хотя в принципе можно заморозить обновление settings.cfg с помощью ключа -preservecfg.

Предупреждения о возможном вирусе можно погасить. Как это сделать сказано в подсказке при наведении на предупреждение.