В общем, обновлятор оказался не при чем.
В один из случаев заторможенности подключил монитор к серверу и стал убивать все процессы и останавливать службы, до каких смог дотянуться. Картина плачевная: убив всё, что позволила система, ядро продолжало быть нагруженным.
Службы, которые не смог остановить:
И всё равно нагружено ядро
Что делать?
Систему переустанавливать?
