[Iska]

но как не трогать файлы в самой папке? »

Например, выполнить forfiles не для папки, а для всех вложенных в неё папок первого уровня. Наподобие: «for /f "usebackq delims=" %%i in (`2^>nul dir "Путь\*.*" /a:d`) do forfiles /p "%%~i" …».