сказать честно - не знаю почему. Попробуйте в самом рег файле заменить
C:\Program Files на переменную
%PROGRAMFILES%, а
C:\WINDOWS на
%WINDIR% - это придаст универсальность рег файлу. Произведите регистрацию рег файла через запуск *.cmd из инсталлятора.