Давно не баловался дуалбутом, но что-то мне подсказывает, что два efi раздела (хоть это не запрещено) могут ввести уефи в ступор. Помимо этого, драйвера или установщики загрузчиков вполне могут чего-то понарисовать в efi nvram.
Есть даже линуксовая тулза
efibootmgr, лет 7 назад ею разруливал глюки подобные вашим. Но уже ничего не помню за давностью лет, так что мой камент это просто направление в сторону куда можно покопать, на подробности не рассчитывайте.
