[Kvazar]

Попробуй сохранять результат в Матрешку (файлы с расширением MKV).
Кстати, попробуй VirtualDubMod.
Для ручной синхронизации звука в меню Stream\Stream List\
Щелкни на звуковом потоке правой кнопкой мыщи и нажми Interleaving.
В поле Audio skew correction устанавливаешь задержку в миллисекундах.