[DJ Mogarych]

Какая именно — не знаю; скорее всего, надо вручную разбирать mkv на аудиодорожки и видеодорожку каким-нибудь демультиплексором, кодировать видеодорожку конвертером (тем же СУПЕРом, к примеру), а потом собирать дорожки заново.