pankraty,
1. Если это мультфильмы, доступные в интернете, то проще их скачать заново в одинаковом формате, если есть.
2. Если хотите склеить, то сначала нужно файлы привести к одинаковому размеру и частоте кадров в секунду.
3. Если ни разу до этого не сталкивались с работой программы, то почитайте несколько
уроков.
4. Даже после приведения к одинаковым параметрам обоих видео VD может выдать ошибку при присоединении, тогда рекомендую использовать Avidemux - она менее капризна.
