Ответ был дан. Изложу его другими словами: при побайтном совпадении двух файлов их контрольные суммы, причём не только MD5, но и любые другие, будут строго одинаковыми.
И чтобы получить другую контрольную сумму, нужно ввести изменение в содержимое файла.
Причём как обрезание файла, так и изменение байтиков внутри него, как правило приводит к нарушению его действия — в то время как дописывание как правило проходит для файла безболезненно, по крайней мере при некоторых условиях на содержимое дописанного хвоста.
