Если такой возможности нет в настройках программы, то придётся повозиться.
Теоретический способ: устанавливаете Min2Tray, RBTray, 4t tray minimizer free или какой-то ещё аналог, который может свернуть в трей любое приложение при нажатии "Свернуть" или как-то ещё. Далее, возможно, вам придётся запускать программу через автозагрузку
в свёрнутом виде, возможно, внимательно смотреть настройки всех этих программ, возможно, вам поможет
bat-файл.