[K.A.V.]

K.A.V., если добавлять данную строчку в Source.nsi, то перед компиляцией проекта, этот файл сам пересохраняется »

Добавляете строку и НЕ запускаете компиляцию через SFX Creator, а запускаете на исполнение этот файл:

Код:

\NSIS\Compile.bat

Секции Function un.UnInstallFunction в Source.nsi нет »

Она присутствует в том случае, если вы создаёте SFX без графического интерфейса, в вашем же случае (с графическим интерфейсом) нужно добавлять команду в секцию UnInstall