Разобрался сам. Спасибо всем за наводку.
Поскольку параметры Windows Media Player устанавливаются в Active Setup, то для отключения создания ярлыка нужно в ветке реестра
Код:
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Active Setup\Installed Components\{6BF52A52-394A-11d3-B153-00C04F79FAA6}]
в значении параметра "StubPath" удалить ключ \Shortcuts . И вуаля - ярлыки не создаются.
