Потому, что вы жмете ПКМ на файле MSI, а фикс применяете для файлов EXE...
В контекстном меню файлов MSI искомого пункта отродясь не было ввиду того, что он там не нужен.
Код:
Windows Registry Editor Version 5.00
[HKEY_CLASSES_ROOT\Msi.Package\Shell\runas]
"HasLUAShield"=""
[HKEY_CLASSES_ROOT\Msi.Package\shell\runas\Command]
@=hex(2):22,00,25,00,53,00,79,00,73,00,74,00,65,00,6d,00,52,00,6f,00,6f,00,74,\
00,25,00,5c,00,53,00,79,00,73,00,74,00,65,00,6d,00,33,00,32,00,5c,00,6d,00,\
73,00,69,00,65,00,78,00,65,00,63,00,2e,00,65,00,78,00,65,00,22,00,20,00,2f,\
00,69,00,20,00,22,00,25,00,31,00,22,00,20,00,25,00,2a,00,00,00