Настройте бэкап таблиц MySQL по сети со стороннего компьютера, например,
вот так, и сносите сервер смело каждый раз, когда появляется дыра в безопасности. Иначе не избежать либо проникновений, либо потери данных (скорбный личный опыт институтского админа подсказывает мне это).