Вообще R2 домен не обновляет. Это добавление функционала и небольшие доработки системы.
Вот видеоролик
Как обновить server 2003 до R2.
НИКОГДА!!! не делайте такого, если на 100% не уверены в результате! Попробуйте проделать тоже самое на виртуальных машинах.