[Petya V4sechkin]

Ведь по-идее должны были выполнится все его "строки": запуск Diskpart, 1-я команда, 2-я и т.д.

Нет, ведь после запуска Diskpart он понятия не имеет о батнике со всеми его строками.
А строки после Diskpart в батнике никак не ассоциированы с Diskpart.