[NickM]

JkDefrag с GUI (якобы позволяет выбрать папки для сдвига в конец диска, но по факту игнорирует настройки и пихает в конец вообще всё подряд) »

Он же MyDefrag.
А Вы писали скрипт и проверяли?
А как проверяли, с помощью, например fsutils?