[madmax24]

Возмножно у этого ПО есть некоторые файлы модификации, которые можно исправлять и подключать при установке ПО. Либо может есть доп параметры командной строки при установке? Но тогда устанавливать с помощью ГПО будет не очень удобно.
А что за ПО то?

п.с. Как вариант установить это ПО на голую машину, настроить вес как надо(ярлыки убрать. проверить автозагрузку и т.п.). А дальше с помощью , например, WinINSTALL обратно запаковать ее в msi и раздавать уже настроеную версию для своей сети.