Optimus, в программах, которые создают ISO-образы, обычно предусмотрена опция для исключения дублирующихся файлов. Например в
CDImage параметр -oci
Код:
-o optimize storage by encoding duplicate files only once
-oc slower duplicate file detection using binary comparisons rather
than MD5 hash values
-oi ignore diamond compression timestamps when comparing files
-os show duplicate files while creating image
(-o options can be combined like -ocis)
Повторяющиеся файлы - обычное дело в случае
мультизагрузочных дисков. Физически на CD/DVD они в единственном экземпляре, а файловая система просто содержит ссылки.