Попробуйте вариант решения, но при таком большом числе файлов не уверен, как сработает сортировка в Dir. Я попробовал на 50000 файлов, но они небольшого размера
Код:
@Echo Off
Set Otkuda=E:\dddddddd
Set S1=-1
FOR /F "usebackq delims=" %%f IN (`Dir /B /A:-D /O:S "%Otkuda%\"`) DO Call :DelSize "%Otkuda%\%%f"
GoTo :Eof
:DelSize
Set S2=%~z1
If %S1% NEQ %S2% (
Set S1=%S2%
) Else (
Del %1
)